После амурской операции
Г. И. Невельской сдал экспедицию адмиралу В. С. Завойко, представил генерал-губернатору отчет о деятельности Амурской экспедиции за 1850–1855 гг. и в конце 1856 г. возвратился в Петербург. Закончился главный этап жизни и деятельности Г. И. Невельского.
Труды Г. И. Невельского были отмечены многими Высочайшими милостями: за основание Петровского зимовья и за опись лимана реки Амур он получил в 1850 г. орден Св. Владимира 4-й степени; за основание постов Александровского, Мариинского, Константиновского, Ильинского и Муравьевского – орден Св. Анны 2-й степени с императорской короной; за открытие сообщения между заливом Де-Кастри и Амуром – орден Св. Владимира 3-й степени; 26 августа 1854 г. произведен в контр-адмиралы; 26 августа 1956 г. Невельскому был пожалован орден Св. Анны 1-й степени и пенсион в 2000 рублей в год; 6 декабря 1866 г. он был награжден орденом Св. Анны 1-й степени с императорской короной, а 17 апреля 1870 г. – орденом Св. Владимира 2-й степени; 1 января 1864 г. произведен в вице-адмиралы, а 1 января 1874 г. – в адмиралы.
С осени 1856 г. Дальнейшая его деятельность протекала вдали от присоединенного им к России Приамурья, в Морском ученом комитете в Петербурге. Одновременно он участвовал в работе Общества для содействия русскому торговому мореходству и был председателем петербургского отделения этого общества.
Даже его единомышленник генерал-губернатор Восточной Сибири граф Н. Н. Муравьев-Амурский, получивший дополнение к фамилии «Амурский» не только за успешно проведенный первый амурский сплав, которым он руководил, но и за все достижения Амурской экспедиции – детища Невельского, повел себя не лучшим образом. После второй поездки по Амуру в письме своему офицеру для особых поручений М. С. Корсакову он писал: «Невельской просит меня не обездолить его народом и строит батарею в Николаевском порте на увале, кажется, против своего дома, а не там, где приказано, – против входа в реку. Он оказывается так же вреден, как и атаман (имелся в виду атаман и губернатор Забайкальской области Запольский, которым Н. Н. Муравьев был очень недоволен). Вот к чему ведет честных людей самолюбие и эгоизм… Для успокоения Невельского я полагаю назначить его при себе исправляющим должность начальника штаба. Таким образом, Невельской не будет никому мешать и докончит свое там поприще почетно…»
В 1857 г. Герцен так оценивал деятельность Амурской экспедиции: «Завоевание устья Амура является одним из самых крупных шагов цивилизации». В 1860 г. Н. Г. Чернышевский, будучи одним из редакторов «Военного сборника», в рецензии на помещенный материал об Амурской экспедиции в «Морском сборнике» писал: «Действительно, занятие русскими устья Амура, основание там первого нашего поселения, прибытие туда эскадры контр-адмирала Завойко и проведение ее к Николаевску через перекаты устья Амура – все это такие дела, которыми по справедливости может гордиться всякий русский».
Г. И. Невельской скончался на 63-м году жизни 17 апреля 1876 г., тело его было погребено в Петербурге на кладбище Новодевичьего монастыря. Немного пережила его верная соратница и помощница – супруга Екатерина Ивановна Невельская. Подготовив к печати труд Г. И. Невельского «Подвиги русских морских офицеров на крайнем востоке России», она скончалась 8 марта 1879 г. совсем молодой – в возрасте 45 лет.